Tämä laji on vieraslaji, jota ei ole säädetty haitalliseksi eli se ei kuulu kansalliseen eikä EU:n haitallisten vieraslajien luetteloon, ja esimerkiksi lajin myynti ja kasvattaminen ovat edelleen sallittuja. Kaikkia vieraslajeja koskee kuitenkin vieraslajilain mukainen ympäristöön päästämisen kielto ja siksi niihin on syytä suhtautua varauksella.
Kaikille tuttua, kotipihojen suosikkia, tarhaomenapuuta ei heti arvaisi haitalliseksi vieraslajiksi. Omenoita voi kuitenkin kasvattaa huoleti pihoillaan suurimmassa osassa maata. Ahvenanmaalla ja lounaisessa saaristossamme omenoiden kanssa tulee kuitenkin olla vähän tarkempi. Siellä kasvaa ainoa alkuperäisluontoon kuuluva villi omenalajimme, uhanalainen metsäomenapuu (Malus sylvestris). Metsäomenapuu risteytyy harmillisen helposti tarhaomenapuun kanssa ja huomattava osa metsäomenapuista on nykyisin risteymiä.
Puhtaan metsäomenapuun erottaa tarhaomenoista parhaiten kukinta-aikaan. Metsäomenapuun kukkien osat ovat kaljut, kun tarhaomenapuulla ne ovat karvaiset. Myös lehdet ja uudet vuosikasvaimet ovat kaljuja. Metsäomenapuun hedelmät ovat pienet, puisevat ja happamat.
Tarhaomenapuu risteytyy alkuperäisen metsäomenapuun kanssa, josta on seurannut metsäomenapuun vähittäistä häviämistä.
Metsäomenapuun levinneisyysalueella Ahvenanmaalla ja lounaissaaristossa tulee välttää omenakarojen heittelyä luontoon, sillä niistä voi kasvaa uusia tarhaomenapuita. Viljelystä karanneita tarhaomenapuita on syytä poistaa metsäomenapuun esiintymisalueilta.
Korvenpää, T. 2012. Metsäomenapuu - Malus sylvestris. Teoksessa Ryttäri, T., Kalliovirta, M. & Lampinen, R. (toim.). Suomen uhanalaiset kasvit. S. 231-232. Tammi, Helsinki.
Ryttäri, T., Väre, H. 2014. Puuvartiset kasvit vieraslajeina = Abstract: The invasive woody species in Finland. Sorbifolia 45 (4): 161-174.